Mikroorganismi cilvēka dzīvi ietekmē dažādos veidos - gan pozitīvi (piemēram, pārtikas ražošanā - maizes cepšanās procesā), gan negatīvi (piemēram, pārtikas bojāšanās - maizes sapelēšana).

Slimības
Ir kaitīgi mikroorganismi, kuri cilvēka ķermenī izraisa infekcijas slimības, piemēram, gripu un masalas. Tāpat ir pierādīts, ka mikroorganismi var veicināt daudzas citas hroniskas slimības, piemēram, dažus vēža veidus un sirds slimības. Dažādas slimības izraisa dažāda veida mikroorganismi.
Mikroorganismus, kas izraisa slimības, sauc par patogēniem.
YCUZD_230420_5166_virusi_tabula.svg

Infekcija ir patogēnu mikroorganismu iekļūšana un savairošanās organismā. Par slimību sauc infekcijas izraisītu organismam dzīvībai svarīgo funkciju vai sistēmu bojājumus.

Saindēšanās ar pārtiku
Mikroorganismiem, kas saistīti pārtiku, mēdz būt slikta slava – bieži tiek runāts par saindēšanos ar pārtiku.
Pareiza pārtikas apstrāde, piemēram, pietiekami termiska apstrāde, var nodrošināt aizsardzību pret baktērijām, kas izraisa saindēšanos ar pārtiku. Lai novērstu baktēriju piesārņojumu, ir svarīgi uzturēt labu virtuves higiēnu, piemēram, termiski apstrādātu un neapstrādātu pārtiku uzglabāt atsevišķi, kā arī labu personīgo higiēnu, pareizi mazgāt rokas, sasiet matus.

YCUZD_230420_5166_saindesanas.svg

Pelējums
Dažreiz mikroorganismi nokļūstot pārtikā vai uz tās, sāk to sadalīt, lai nodrošinātu tos ar enerģiju un barības vielām. Mikroorganismu ietekmē ēdiens kļūst nederīgs cilvēkiem, un tas ir jāizmet. Pelējums ir sēnīšu veids. Sēnīšu sporas ir gaisā visapkārt. Šīs sporas var nolaisties uz augļiem, maizes. Ja ir silts un mitrs, sēnīšu sporas aug un veido ļoti smalku, pavedieniem līdzīgu struktūru, ko sauc par hifām. Hifas ieaug augļos, sagremo tos un absorbē barības vielas. Šie pavedieni krustojas viens ar otru, veidojot lielu samezglotu struktūru, kas pazīstama kā micēlijs.

YCUZD_230420_5166_pelējums.svg

Pārtikas saglabāšana (atdzesēšana, sasaldēšana, žāvēšana, pasterizācija) samazina pārtikas sadalīšanās ātrumu, palēninot mikroorganismu augšanas ātrumu vai iznīcinot tos.

Pārtikas ražošana
Tomēr, lai gan daži mikroorganismi cilvēkus padara slimus, bet citi var traucēt, sabojājot pārtiku, bez mikroorganismu darbības nebūtu maizes, siera, jogurta, vai šokolādes. Pārtikas ražotāji mūsdienās turpina izmantot mikroorganismus, lai ražotu plašu pārtikas produktu klāstu, izmantojot procesu, ko sauc par fermentāciju. Lai pagatavotu maizi, raugu sajauc ar cukuru, miltiem un siltu ūdeni. Raugs cukuru un miltus izmanto kā pārtiku, tos sadala un rezultātā mīklā veidojas oglekļa dioksīda gāzes burbuļi, kas liek mīklai izplesties un pacelties.
Jogurts ir raudzēts piena produkts, kas satur divu dažādu veidu pienskābes baktērijas. Vispirms pienu karsē ļoti augstā temperatūrā, lai nogalināt visus nevēlamos mikroorganismus, tad atdzesē un pievieno pienskābes baktēriju maisījumu. Baktērijām augot, tās izmanto piena cukuru laktozi kā enerģijas avotu un ražo pienskābi. Pienskābes klātbūtne izraisa piena proteīna struktūras izmaiņas, piešķirot jogurtam tā īpašo biezumu. 

YCUZD_230420_5166_piens.svg

Elementu aprite
Pastāv mikroorganismi, kuri tiek dēvēti par sadalītājiem (destruktoriem) - tie sadala mirušos augus un dzīvniekus vienkāršās vielās, ko sauc par barības vielām. Šīs barības vielas, tostarp oglekļa dioksīds, ūdens, nātrijs un kālijs, tiek atgrieztas vidē, lai citas dzīvās būtnes varētu tās izmantot.