Mikroorganismu izplatīšanās var notikt dažādos veidos. Cilvēki var nodot mikroorganismus viens otram. Piemēram, saaukstēties var, paspiežot roku cilvēkam, kurš ir saaukstējies un kurš tikko izmantojis šo roku, lai noslaucītu pilošu degunu. Gļotas no deguna satur saaukstēšanās vīrusa daļiņas, piemēram, rinovīrusu, kas pieaugušajiem izraisa vienu trešdaļu saaukstēšanās gadījumu. Kad saaukstēšanās vīrusa daļiņas ir uz otrās personas rokām, tās ir inficētas, un vīrusu var pārnest uz degunu ar pirkstiem. Masalas, cūciņas un tuberkuloze var izplatīties, klepojot vai šķaudot. Klepojot vai šķaudot, gaisā var izdalīt miljoniem mikroorganismu gļotu vai siekalu pilienu veidā, kas pēc tam var inficēt kādu citu, ja tie ieelpo inficētās daļiņas. Tāpat ar saaukstēšanos vai gripu var saslimt, nonākot kontaktā ar inficētas personas siekalām, piemēram skūpsta laikā.
B hepatītu un HIV var izplatīt dzimumakta laikā vai koplietojot šļirču adatas, kas piesārņotas ar inficētām asinīm. Informāciju par veselības epidemioloģisko drošību un slimību profilaksi Latvijā sniedz Slimību profilakses un kontroles centrs.
Arī mikroorganismiem ir vajadzīgas barības vielas, kuras var iegūt, piemēram, no cilvēku pārtikas. Tie var nokļūt pārtikā jebkurā barības ķēdes posmā, tāpēc ražošanas procesam ir jābūt drošam. Mikroorganismu izraisīta saindēšanās ar pārtiku var izraisīt nepatīkamus simptomus, piemēram, vēdersāpes un caureju. Latvijā patērētājiem nekaitīgas un drošas pārtikas kontoli veic Pārtikas un veterinārais dienests.
Dažas slimības izraisa dzeramais ūdens, kas ir piesārņots ar cilvēku vai dzīvnieku fekālijām, kas var saturēt slimību izraisošus mikroorganismus. Tīrs ūdens, higiēna un labas kanalizācijas sistēmas novērš ar ūdeni pārnēsātu slimību izplatīšanos. Latvijā ir izstrādāti Ministru kabineta noteikumi Nr. 671 par obligātās nekaitīguma un kvalitātes prasībām dzeramajam ūdenim.
Kukaiņi ir atbildīgi par daudzu slimību izplatību. Piemēram, malāriju no cilvēka uz cilvēku izplata noteiktas odu sugas. Parazīts iekļūst cilvēka organismā, kad inficēts ods uzņem asins. Buboņu mēris ir grauzēju bakteriāla slimība, ko inficētas žurku blusas var pārnest uz cilvēkiem un citiem dzīvniekiem. Tāpat kukaiņi var pārnest patogēnus uz pārtiku, piemēram, mušas izplata salmonellu un E. coli - mušas pārnes mikroorganismus no kājām un citām ķermeņa daļām uz pārtiku.
Mikroorganismi var izplatīties arī, piemēram, ar gultas veļu, dvieļiem, rotaļlietām. Pēdu sēnīte var izplatīties netieši caur dvieļiem un ģērbtuvju grīdām. Mitrā un siltā vidē, starp kāju pirkstiem, pēdu sēnītei ir ļoti piemēroti izplatīšanās apstākļi - attīstās niezoši, sarkani izsitumi un āda kļūst saplaisājusi un sāpīga, var parādīties mazi pūslīši. Ja infekcija netiek ārstēta, tā var izplatīties arī uz citām ķermeņa daļām.
Vakcīna ir viela, ko ievada organismā, lai stimulētu organisma imūnreakciju. Vakcīnas antigēns ir tāds pats kā antigēns uz slimību izraisošā mikroorganisma virsmas. Tā stimulē organismu ražot antivielas pret vakcīnā esošo antigēnu un izveidotās antivielas būs tādas pašas kā tās, kas rodas, ja persona tiek pakļauta patogēnam. Pēc kāda laika antivielu daudzums samazinās, taču, ja vakcinētā persona pēc tam nonāk saskarē ar slimību izraisošo mikroorganismu, imūnsistēma atceras antivielas, ko tā radījusi pret vakcīnu, un var tās ražot ātrāk.
Vakcīnas aizsargā ne tikai indivīdus, bet nodrošina arī kolektīvo imunitāti - cilvēku grupas izturību pret infekciju. Tā rodas lielas iedzīvotāju daļas imunitātes dēļ, piemēram, tāpēc, ka viņi ir iepriekš vakcinēti vai bijuši pakļauti patogēnam. Ja šī proporcija ir pietiekami augsta, tad nelielais skaits cilvēku, kuriem nav imunitātes, tiks aizsargāti, jo nav daudz cilvēku, kuri varētu izplatīt patogēnu. Iedzīvotāju procentuālais daudzums, kam jābūt imūnam, lai darbotos kolektīvā imunitāte, ir diezgan augsti. Poliomielīta gadījumā tas ir 80–86%, bet difterijai – 85%. Kolektīvā imunitāte darbosies tikai pret slimībām, kuras tiek pārnestas starp cilvēkiem, nevis pret slimībām, kuras var iegūt no dzīvniekiem vai citiem infekcijas avotiem. Latvijā ir izstrādāts bērnu vakcinācijas kalendārs.
Antibiotikas ir ķīmiskas vielas, kas nogalina vai kavē baktēriju izplatīšanos un tiek izmantotas bakteriālu infekciju ārstēšanai. Tās var novērst baktēriju vairošanos, līdz ar to baktēriju populācija paliek nemainīga, ļauj organisma aizsardzības mehānismam cīnīties ar infekciju.
Baktērijas tiek sauktas par rezistentām, ja antibiotikas, pret kuru tās iepriekš bija jutīgas, vairs neaptur to izplatību.
Pacienta ārstēšana ar antibiotikām izraisa mikroorganismu adaptāciju vai nāvi. Ja baktēriju sugas celms iegūst rezistenci pret antibiotiku, tad vairojoties baktēriju šūnai ar iegūto rezistenci, šī rezistence tiek nodota tās pēcnācējiem. Ideālos apstākļos dažas baktēriju šūnas var dalīties ik pēc 20 minūtēm, tāpēc jau pēc 8 stundām varētu pastāvēt vairāk nekā 16 miljoni baktēriju šūnu, kas ir izturīgas pret šo antibiotiku.
Rezistentu baktēriju parādīšanās un izplatība turpina pieaugt gan pārmērīgas, gan nepareizas antibiotiku lietošanas dēļ.