Dabiski veidotā ekosistēma ir attīstījusies un funkcionē bez cilvēku iejaukšanās vai ietekmes. Tā ir dabas radīta, notiek saskaņā ar dabiskajiem procesiem un mijiedarbību starp dažādām dzīvām būtnēm un vidi, kas veicina noteiktu stabilitāti. Piemēram, zālāju ekosistēmās zālēdāji patērē zāli, bet arī baro augsni ar saviem izkārnījumiem, kas ļauj zālei ataugt un nodrošina zināmu līdzsvaru. Tomēr tas nenozīmē, ka ekosistēma ir statiska. Tā pastāvīgi attīstās un mainās.
 
YCUZD_230726_5347_ekosistēmas struktūra_9.svg
 
Lai gan ekosistēma vienmēr tiecas uz līdzsvara stāvokli, tas netiek sasniegts. Dažādās dabiskās nelīdzsvarotības mēdz pastāvīgi kompensēt viena otru. Dažas ekosistēmas attīstās ļoti lēni, savukārt citas var pārveidoties ļoti ātri. Dažreiz ārkārtējos gadījumos tās var pat pazust.
Dabiski veidotās ekosistēmas ietver lielu bioloģisko daudzveidību, kurā dažādi dzīvnieki, augi un mikroorganismi mijiedarbojas un veido sarežģītas barības ķēdes un tīklus. Katra suga un organiskā komponente ir svarīga ekosistēmas veselībai un funkcionēšanai. Šādas ekosistēmas darbojas saskaņā ar dabiskiem procesiem, piemēram, barības vielu cirkulāciju, ūdens ciklu, fotosintēzi, dzīvnieku migrāciju.
Dabiskās ekosistēmas sniedz vērtīgus labumus cilvēkiem, piemēram, nodrošina ar pārtiku, ūdens avotus, klimata regulēšanu un estētisko baudu. Tāpat tām ir liela nozīme ļoti daudzu dzīvo būtņu pastāvēšanas apstākļu nodrošināšanā.
 
YCUZD_230726_5347_ekosistēmas struktūra_13.svg
 
Cilvēku darbība var ietekmēt un pārveidot dabiski veidotas ekosistēmas, tāpēc to aizsardzība un ilgtspējīga pārvaldība ir būtiska, lai saglabātu to vērtību. Natura 2000 ir īpaši aizsargājamo dabas teritoriju tīkls Eiropas Savienības dalībvalstīs. Latvijas Natura 2000 teritorijas regulē likums "Par īpaši aizsargājamām dabas teritorijām" un Ministru kabineta noteikumi "Eiropas nozīmes aizsargājamo dabas teritoriju (Natura 2000) izveidošanas kritēriji Latvijā".