1. Hibridoloģiskā metode jeb divu indivīdu krustošana un pēcnācēju pazīmju novērošana ir galvenā klasiskās ģenētikas pētīšanas metode. Lietojot šo metodi, krusto organismus, kuriem ir atšķirīgas pazīmes, un atsevišķu pazīmju iedzimšanu matemātiski analizē vairākās pēcnācēju paaudzēs. Ja krusto ģenētiski atšķirīgus indivīdus, iegūtos pēcnācējus sauc par hibrīdiem.
 Lauvu tēviņš |
x |
 Tīģeru mātīte
|
 Maiami dzīvo lauvu tēviņa un tīģeru mātītes hibrīds Herkuless, kurš sasniedz 3 m augstumu.
|
2. Citoģenētiskā metode pēta iegūto hibrīdu šūnas.
3. Molekulārā metode pēta DNS.
4. Ontoģenētiskā metode noskaidro, kā izpaužas atsevišķu gēnu darbība organismu dzīves laikā. Ar šo metodi, piemēram, ir noskaidrots, ka cilvēkam daudzu iedzimtu slimību attīstība ir atkarīga no mantotajiem gēniem, dzīves vides un paša cilvēka dzīvesveida.
5. Ģenealoģiskā metode – pēta pazīmju pārmantošanu dzimtās no paaudzes paaudzē. Ģenealoģija ir vēstures palīgnozare, kas pētī radurakstus (ciltskokus, cilts vēsturi), dzimtu, atsevišķu ģimeņu un personu izcelšanos un to radniecību. Piemēram, Lielbritānijas karalienes Elizabetes ciltskokā ir izpētīta slimības hemofīlijas iedzimšana.
