„Aukstā kara” beigas nenozīmēja, ka konflikti pasaulē vairs nepastāv. Daudzās vietās, arī postkomunistiskajās valstīs, atdzima starpvalstu vai iekšpolitiskie konflikti, kuri bija noklusēti vai apspiesti komunistisko režīmu pastāvēšanas laikā. Lielākoties tie bija saistīti ar etnisko minoritāšu vai robežu problēmām.
Daudzos gadījumos komunistiskā nomenklatūra veicināja šādu konfliktu pastiprināšanos, lai ar nacionālisma palīdzību nostiprinātu savu personīgo varu, piemēram, Serbijā, kuras kompartijas līderis Slobodans Miloševics kļuva par dedzīgu serbu nacionālistu un destabilizēja kaimiņrepublikas, lai panāktu serbu apdzīvoto teritoriju apvienošanos ar Serbiju.
S. Miloševics
Starp Lietuvu un Poliju pastāvēja strīds par poļu minoritātes statusu Lietuvā un Viļņas apgabala piederību. Arī starp Poliju un Ukrainu valdīja domstarpības sakarā ar ukraiņu partizānu darbību pierobežas apgabalos II pasaules kara laikā un pēc tā, kā arī par ukraiņu piespiedu pārvietošanu uz Rietumpoliju pēc kara. Šie konflikti samērā ātri tika atrisināti mierīgā ceļā.
Sarežģīts ir jautājums par ungāru minoritātes stāvokli Slovākijā, Rumānijā un Dienvidslāvijā, īpaši pirmajās divās valstīs. Lai gan Ungārija neizvirza jautājumu par robežu pārskatīšanu, tā tomēr ir izteikusi vēlēšanos uzņemties aizbildniecību pār ungāriem šajās valstīs. Pret to iebilst Rumānijas un Slovākijas valdība. Savukārt Eiropas Padome un citas organizācijas atbalsta Ungārijas neapmierinātību ar Slovākijas un Rumānijas mēģinājumiem ierobežot ungāru valodas lietošanas tiesības.
80. gadu beigās un 90. gadu sākumā veidojās vairāki konflikti bijušās Padomju Savienības teritorijā.
Nopietnākie no tiem bija pārsvarā armēņu apdzīvotās, taču Azerbaidžānas teritorijā ietilpstošās Kalnu Karabahas iedzīvotāju centieni apvienoties ar Armēniju. Konflikts izvērtās par īstu karu. 1994. gadā tika noslēgts pamiers. Kalnu Karabaha ieguva faktisku neatkarību, lai gan tā oficiāli nav atzīta.
Arī Moldovā, kura sastāv no divām visai atšķirīgām daļām – Piedņestras, kas līdz 1940. gadam ietilpa PSRS sastāvā un no Besarābijas, ko atņēma Rumānijai Molotova-Ribentropa pakta rezultātā, izraisījās konflikts. Piedņestras iedzīvotājos, kuri vairākumā ir krievi un ukraiņi, radīja bažas Moldovas neatkarības centieni, jo tā varētu apvienoties ar Rumāniju. Tās izmantoja komunistiskā nomenklatūra, kas izveidoja kustību par atdalīšanos no Moldovas. 1990. gadā Piedņestra pasludināja savu neatkarību, 1992. gadā šeit izraisījās bruņots konflikts. Pašreiz formāli Piedņestra ietilpst Moldovas sastāvā, taču faktiski tā pārvalda pati sevi.
Iepriekšminētie konflikti veidojās, sabrūkot PSRS. Taču pēc jauno neatkarīgo valstu izveidošanās ne visas tās spēja izvairīties no iekšpolitiskiem konfliktiem, kas izraisīja pat pilsoņu karus. 90. gados nopietnākais konflikts bijušās PSRS teritorijā bija karš Čečenijā 1994. – 1996. g. un tā atsākšanās 1999. g., Čečenijai mēģinot atdalīties no Krievijas. Lai gan lielākā daļa konfliktu nav atrisināti, 90. gadu beigās vairumā reģionu stāvoklis ir stabilizējies un nav vērojams reģionālo konflikta skaita pieaugums.
Čečenija
Balkāni
Kosova
Nākamais konflikta posms bija saistīts ar Kosovas problēmu. 1998. g. Serbijas līderis S. Miloševics likvidēja Kosovas provinces autonomiju.
Bēgļi
Šajā Serbijas provincē, kurā 90% iedzīvotāju ir albāņi, rūga neapmierinātība, kura izlauzās uz āru 90. gadu otrajā pusē, kad izveidojās albāņu partizānu vienības, kas centās ar ieročiem rokās panākt Kosovas atdalīšanos no Serbijas. Tika runāts par Lielalbānijas nodibināšanu, kura aptvertu Albāniju, Kosovu un albāņu apdzīvotos Maķedonijas rajonus. 1999. gada sākumā serbu drošības spēki sāka izdzīt albāņus no Kosovas uz Albāniju un Maķedoniju, lai atņemtu partizāniem atbalsta bāzi.
ES un NATO valstis pieprasīja izvest serbu drošības spēkus no Kosovas, bet Serbijas līderis S. Miloševics atteicās to darīt. NATO uzsāka Dienvidslāvijas bombardēšanu. Šo rīcību pasaules sabiedrība novērtēja visai atšķirīgi, jo sākumā to neatbalstīja ANO Drošības Padome, lai gan vēlāk ANO šo akciju akceptēja. Dienvidslāvijas bombardēšanu nosodīja ne tikai Krievija, kas atbalstīja Serbiju, bet arī daudzas citas valstis. To neatzina arī daudzas sabiedriskās organizācijas un iedzīvotāji valstīs, kuras oficiāli atbalstīja bombardēšanu, jo akcijas rezultātā cieta mierīgie iedzīvotāji, tika sagrauti tilti, rūpnīcas un citi ekonomiskajai dzīvei svarīgi objekti.
Tomēr serbu spēkiem nācās pamest Kosovu. Un tur tika ievesti ANO miera uzturēšanas spēki. Faktiski Kosova tika pārvērsta par ANO protektorātu. Šis konflikts nav atrisināts, jo albāņi iestājās par neatkarību, pret ko serbi ir noskaņoti negatīvi. Arī ANO un Eiropas Savienība ir visai rezervēti pret neatkarības piešķiršanu Kosovai.
Konflikti Balkānos un citos reģionos izvirzīja jautājumu, kā panākt stabilu mieru etnisko konfliktu plosītajos rajonos, jo miera uzturēšanas spēki tur nevar palikt uz visiem laikiem. Lai reģionā normalizētu starpvalstu attiecības, ir jāveicina reģionālā sadarbība gan starp valstīm, gan nevalstiskām organizācijām, reģioniem un uzņēmējiem.