Rāpuļu skeleta uzbūve ir pielāgota to uzbūvei un dzīvesveidam, tāpēc dažādiem rāpuļiem tā atšķiras.
Bruņurupučiem lielākā daļa skeleta ir saaugusi kopā ar kaula bruņām, tāpēc vienīgās kustīgās daļas ir kakls, galva un kājas.
Čūskām nav kāju, tāpēc nav arī plecu un iegurņa joslas, kas balsta kājas. Čūskām ribas piestiprinātas pie visiem mugurkaula skriemeļiem, izņemot astes skriemeļus, bet pārējiem rāpuļiem, putniem un zīdītājiem - pie mugurkaula krūšu daļas skriemeļiem. Čūsku mugurkaulā ir vairāk kā 400 skriemeļu.
Čūskām ir ļoti kustīgi žokļi, kas ļauj norīt medījumu, kurš ir lielāks par čūskas galvu.
Vairums rāpuļu ir gaļēdāji. Daudzām čūskām augšžoklī ir divi indes zobi, kuros atveras indes dziedzeru izvadkanāli. Ķirzakas upura noķeršanai mēdz izmantot mēli (attēlā hameleons). Daudzas bruņurupuču un dažas ķirzaku sugas ir augēdāji.
Visi rāpuļi elpo ar plaušām. Krokodiliem nāsis atrodas deguna virspusē, tie spēj elpot, paši atrodoties zem ūdens. Dažām ķirzaku un čūsku sugām ir papildorgāni, kuri ļauj uzkrāt gaisa rezerves ieniršanas vai upura norīšanās brīdim.
Atšķirībā no zīdītājiem un putniem, rāpuļi ir aukstasiņu dzīvnieki, tāpēc, iestājoties rudenim, rāpuļi dodas ziemas guļā. Arī vasarā tie cenšas sildīties saulē.
Izvadorgānu sistēmu veido 2 nieres, urīnvadi, urīnpūslis. Urīns tiek izvadīts caur kloāku.