Rāpuļi ir šķirtdzimuma dzīvnieki. Tēviņiem sēkliniekos attīstās spermatozoīdi, bet mātītēm olnīcās - olšūnas.
Rāpuļiem ir iekšēja apaugļošanās. ( Attēlā redzama gludeno čūsku pārošanās). Mātītes izdēj olas, kuras attīstās ligzdā uz zemes. Video: Bruņurupucis dēj olas.
Rāpuļu olas ir klātas ar ādainu apvalku, kas neļauj olai izžūt, bet ļauj iekļūt gaisam. Daļa rāpuļu izdētās olas apsargā, piem., krokodili.
Dažiem rāpuļiem, piemēram, odzei, glodenei un pļavas ķirzakai, ir raksturīga olu dzīvdzemdēšana. Dīgļa attīstība notiek olā mātes organismā un mazulis izšķiļas tajā brīdī, kad ola tiek izdēta.
Rāpuļiem, tāpat kā zīdītājiem un putniem, ir raksturīga tiešā attīstība - mazuļi izšķiļas līdzīgi pieaugušam organismam, tikai ir mazāki.
Video angļu valodā: Jūras bruņurupuča mazuļu ceļojums uz okeānu.