Lidošana patērē daudz skābekļa, tāpēc putnu elpošanas sistēma ir pielāgota lidošanai. Starp iekšējiem orgāniem, muskuļiem, zem ādas, kaulu dobumos ir izvietoti gaisa maisi - elastīgi bronhu izaugumi. Gaisa maisi darbojas tā, ka ar skābekli bagātais gaiss plūst caur plaušām divreiz - gan ieelpas, gan izelpas laikā. To sauc par divkāršo elpošanu. Putni spēj radīt daudzveidīgas skaņas, jo starp elpvadu un bronhiem atrodas balsene.
Gaisa maisi noder arī kā atbalsts izplestiem spārniem un kā siltumizolācija aukstā laikā.
Barības uzņemšanu un sagremošanu nodrošina gremošanas orgānu sistēma. Barību putni uzņem ar knābi. Caur rīkli tā nonāk barības vadā un guzā, kur gremošanas sulu iedarbībā kļūst mīksta. Barība nonāk dziedzerkuņģī, kurā atrodas daudz dziedzeru, kuru sula ķīmiski iedarbojas uz barību. Seko muskuļkuņģis, kuram ir muskuļainas sienas. Muskuļkuņģī uzkrājas putna uzknābātie akmentiņi, kuri darbojas kā dzirnakmeņi un sasmalcina barību.
Pēc muskuļkuņģa barība nonāk zarnās, kur turpinās tās sagremošana un uzsūkšana. Nesagremotās barības atliekas nonāk kloākā un tiek izmestas no organisma.
Līdzīgi zīdītājiem, arī putniem ir nieres, kurās no asinīm tiek izfiltrēti vielmaiņas galaprodukti un veidojas urīns. Putniem nav urīnpūšļa, urīns kopā ar ekskrementiem nonāk kloākā.
Putnu asinsrites orgānu sistēma ir tāda pati kā zīdītājiem. Putniem ir patstāvīga ķermeņa temperatūra un viņi ir siltasiņu dzīvnieki.