Sēņu šūnas ir eikariotu šūnas. Sēņu šūnām ir raksturīgs šūnapvalks (parasti satur hitīnu), tajās nav plastīdu . Tās veido smalkus šūnu pavedienus – hifas. Hifas var būt nesadalītas šūnās, vai arī būt sadalītas šūnās. Sēņu šūnapvalks stingri nenorobežo šūnu no šūnas. Tāpēc sēņu citoplazma var pārvietoties no vienas šūnas uz citu.
Sēnes ir gan vienšūnu, gan daudzšūnu organismi.
Maizes raugs ir vienšūnas organisms. Uz šūnām redzamie izaugumi ir pumpuri - ar tiem raugs veģetatīvi vairojas.
Daudzšūnu sēnes sēņotnes pavedieni - hifas.