Ekosistēmas stabilitāti ietekmē ekoloģiskie faktori, kas iedarbojas uz dzīvajiem organismiem. Ekoloģiskos faktorus iedala trīs grupās - abiotiskie, biotiskie un antropogēnie.
Abiotiskie faktori ir nedzīvās dabas elementi, kas ietekmē dzīvos organismus.
Šos faktorus, savukārt, var sadalīt 3 grupās:
- klimatiskie faktori — gaisma, temperatūra, gaiss, ūdens, vides pH u.c.,
- edafiskie faktori — cilmiezis, augsnes trūdvielu saturs un tās sastāvs, augsnes fizikālās un ķīmiskās īpašības u.c.,
- orogrāfiskie faktori — nogāzes slīpums un ekspozīcija, augstums virs jūras līmeņa u.c.
Biotiskie faktori ir dzīvās dabas elementi jeb dzīvo organismu savstarpējās attiecības.
1. Tās var būt abpusēji labvēlīgas, kad abi iesaistītie organismi gūst labumu.
Simbiozē iesaistītie organismi nevar izdzīvot viens bez otra, parasti viens no iesaistītajiem organismiem izmanto otra organisma saražotās organiskās vielas. Klasisks simbiozes piemērs ir ķērpji. Tos veido sēnes un aļģes (šobrīd konstatētas 28 zilaļģu, zaļaļģu un dzeltenzaļo aļģu ģintis). Abu komponentu partnerība ir tik cieša, ka ķērpjus izdala kā atsevišķu zemāko augu nodalījumu ar vairāk nekā 20 tūkst. sugām. Daudzas no ķērpjus veidojošām sēņu un aļģu sugām patstāvīgi eksistēt nevar.
Vēl viens piemērs ir mikoriza, kur viens komponents ir augi (priedes, egles), otrs — sēnes. Sēņu micēlijs aug uz koku saknēm, ar hifām tās iespiežas sakņu šūnās, un tādējādi sēne barībā daļēji izmanto zaļā auga fotosintēzes produktus. Augs iegūst papildus mitrumu, jo sēnes palīdz uzņemt vairāk ūdens.
Mutuālismam nepiemīt parazītisma elementi. Dabā mutuālisma izpausmju ir daudz. Piemēram, entomofīlija, kur kukaiņi, barodamies ar ziedu nektāru, augiem nodrošina svešapputi. Tropiskajos lietus mežos šo funkciju veic arī putni.
Protokooperācija atšķirībā no simbiozes un mutuālisma nav obligāts attiecību veids. Abi komponenti var dzīvot arī atsevišķi. Taču kopdzīves gadījumā attiecības ir abpusēji labvēlīgas. Te jāmin augļu un sēklu izplatīšanās ar dzīvnieku palīdzību.
2. Nomācošās jeb nelabvēlīgās attiecības starp dzīvajiem organismiem veidojas, ja viens no iesaistītajiem organismiem gūst labumu un otram organismam šīs attiecības ir kaitīgas.
Plēsonības gadījumā viens no iesaistītajiem organismiem — plēsoņa — iznīcina upuri. Katram no organismiem ir patstāvīgs dzīvesveids un tie ir saistīti tikai caur barošanās attiecībām. Plēsoņa un upuris parasti aktīvi izseko un uzmana viens otru.
Fitofāgiju jeb augu izmantošanu uzturā uzskata par plēsonības paveidu. Lielākoties fitofāgija neveicina augu iznīkšanu, jo apēstas tiek tikai to atsevišķas daļas, kā piemēram, sienāzis grauž augu lapas. Izņēmums ir sakņu iznīcināšana, kā arī viendabīgo lakstaugu virszemes daļu nograušana, pēc kuras augi iet bojā. Par piemēru var minēt izplatītos sakņu kaitēkļus - maijvaboles.
Parazītisma gadījumā viens organisms — parazīts izmanto otru — saimniekorganismu gan kā barības ieguves, gan kā dzīves vietu. Saimniekorganisms parasti netiek iznīcināts. Parazīti var dzīvot gan uz saimnieka, tad tos sauc par ektoparazītiem, piemēram, blusas, ērces, odi u.c. Ja parazitē saimnieka organisma iekšējos orgānos un audos, tos sauc par endoparazītiem, piemēram, cērmes, lentenis, tuberkulozes nūjiņa u.c.
Konkurence abus (kā arī vairākus) organismus ietekmē negatīvi. Konkurence iestājas tad, ja organismiem ir līdzīgas ekoloģiskās prasības. Turklāt, jo tuvākas tās ir, jo asāka ir savstarpējā cīņa par eksistenci. Visintensīvāk tā norisinās starp vienas sugas īpatņiem, it īpaši, ja resursi (barība, dzīves apstākļi, pretējā dzimuma pārstāvji), par kuriem sāncenši konkurē, ir ierobežoti vai samazinās. Jaunaudzē kociņi konkurē gan par barības vielām un mitrumu augsnē, gan gaismas daudzuma dēļ. Invazīvās sugas izkonkurē vietējās sugas, piemēram, Sosnovska latvānis nomāc visus apkārtējos augus.
3. Attiecības starp dzīvajiem organismiem var būt neitrālas, ja dažādu sugu organismi dzīvo vienā ekosistēmā un cits citu neietekmē, jo tieši nekonkurē par barību un dzīves vietu.
Piemēram, pļavā dzīvojošais gliemezis nekonkurē ar mušu, zaķis — ar kurmi. Taču, ja tiks dedzināta zāle pļavā, abiem organismiem nāksies meklēt jaunu dzīvesvietu.
Komensālismā tikai viens organisms gūst labumu, bet otra organisma attieksme ir pilnīgi neitrāla. Piemēram, hiēnas ēd lauvu medījumu atliekas.
Antropogēnie faktori ir cilvēka darbības sekas ekosistēmās.
Cilvēka darbībai var būt gan pozitīva ietekme (jaunaudzes, parazītu apkarošana), gan negatīva ietekme. Parasti cilvēka saimnieciskās darbības sekas atstāj negatīvas sekas ekosistēmā. Tas var būt gan vides piesārņojums, gan bioloģiskās daudzveidības samazināšana ēku būvniecības, tīrumu ierīkošanas rezultātā.
Ekoloģiskiem faktoriem mijiedarbojoties, var ietekmēt ekosistēmu un novest pie tās nomaiņas - sukcesijas.
Sukcesija ir ekosistēmas pārveidošanās, laika gaitā mainoties gan biotopam, gan biocenozei, galvenokārt to mijiedarbības rezultātā.