90. gadu sākumā Baltijas valstu sadarbība kādu laiku saglabājās tāda pati kā laikā, kad tās cīnījās par neatkarību. Tika radītas Baltijas valstu sadarbības institūcijas – Baltijas Asambleja un Ministru Padome, noslēgts brīvās tirdzniecības līgums un apspriests jautājums par muitas savienību un aizsardzības savienības izveidošanu. Taču drīz vien izrādījās, ka nav iespējams ātri panākt Baltijas valstu ciešākas politiskas, militāras un ekonomiskas savienības izveidošanu.
Baltijas Asambleja ir Latvijas, Lietuvas un Igaunijas parlamentu sadarbības organizācija, kas dibināta ar mērķi koordinēt Baltijas valstu sadarbību parlamentārā līmenī, diskutēt par jautājumiem un projektiem, kas kopīgi visām trim reģiona valstīm.
Baltijas valstis par galveno uzdevumu uzskatīja iespējami ātrāku iekļaušanos Eiropas Savienībā, NATO un citās Rietumu organizācijās. Baltijas valstu sadarbību sāka uzlūkot kā šķērsli šā mērķa sasniegšanai. Bija dzirdami izteikumi par to, ka Igaunijai būtu galvenokārt jāveido sadarbība ar Ziemeļvalstīm, bet Lietuvas politiķi 90. gadu vidū arvien biežāk sāka uzsvērt, ka sadarbība ar Poliju un citām Viduseiropas valstīm varētu dot iespēju ātrāk īstenot centienus iestāties šajās organizācijās. Šaubas par Baltijas valstu integrācijas nepieciešamību palielināja tas, ka daudzas Eiropas Savienības un NATO dalībvalstis sākumā nebija gatavas atbalstīt Baltijas valstu dalību šajās organizācijās. Tāpēc tika izteiktas idejas par to, kā iesākumā jāaprobežojas ar vienas Baltijas valsts uzņemšanu katrā organizācijā. Tomēr šis viedoklis virsroku neguva.
Lai gan gatavība dalībai Eiropas Savienībā un NATO tiek vērtēta individuāli, 90. gadu beigās tomēr izrādījās, ka Baltijas valstis faktiski tiek uzskatītas par valstu grupu un to uzņemšana šajās organizācijās politisku un praktisku apsvērumu dēļ notiks vienlaikus vai arī ar nelielu laika starpību.
Pamazām nostiprinājās viedoklis, ka sadarbība starp trim Baltijas valstīm nevar būt traucējošs faktors. Politiska solidaritāte kandidātvalstu starpā īpaši tika uzsvērta sarunās par uzņemšanu NATO.
Jāatzīmē, ka gatavošanās dalībai NATO, sadarbība programmas „Partnerattiecības mieram” ietvaros, kā arī miera uzturēšanas misijās padarīja militāro jomu par sekmīgāko Baltijas valstu sadarbības aspektu.
Nozīmīgākie sadarbības virzieni ir:
- Baltijas valstu miera uzturēšanas bataljons (BALTBAT),
- vienotā gaisa telpas novērošanas un kontroles sistēma (BALTRON),
- Baltijas valstu aizsardzības koledža (BALTDEFCOL) Tartu.
Baltijas aizsardzības koledžas simbols
Baltijas aizsardzības koledža (angļu: Baltic Defence College) ir vispārējās militārās izglītības koledža, kurā zināšanas apgūst Baltijas valstu (Lietuvas, Latvijas, Igaunijas), NATO, ES un citu Eiropas valstu studenti militārajā jomā.
Citās jomās pastāvēja sarežģītākas attiecības. Latvijai veidojās arī vairākas konflikta situācijas ar kaimiņvalstīm – ar Lietuvu par jūras robežu, bet ar Igauniju par zivju nozveju Rīgas jūras līcī. Grūtības bija arī brīvās tirdzniecības līguma īstenošanā. Vienlaikus reģionālās sadarbības formas aptvēra plašāku valstu loku.
1992. g. martā tika izveidota Baltijas Jūras Valstu padome (BJVP), kuras locekles ir visas valstis, kas atrodas ap Baltijas jūru, un Islande. Šīs padomes uzdevums ir veicināt reģiona valstu sadarbību kā drošības, tā arī ekonomikas un kultūras jautājumu risināšanā. Būtisks aspekts ir arī vides aizsardzība.
Baltijas valstu attīstībā nozīmīga loma ir arī sadarbībai ar Ziemeļu padomi (sadarbības institūcija starp Ziemeļvalstu valdībām) un ar Skandināvijas valstīm uz divpusējiem un daudzpusējiem pamatiem. Visas Ziemeļvalstis piedalās dažādos reģionālos vides aizsardzības un drošības projektos, piemēram, jau pieminētā Baltijas valstu miera uzturēšanas bataljona un Baltijas aizsardzības koledžas izveidošanā un uzturēšanā.