Nervu sistēmu veido galvas un muguras smadzenes ar no tām atejošiem nerviem. Nervu sistēma regulē dzīvības procesus.
Rāpuļiem ir 2 acis, kas nodrošina krāsu redzi. Ķirzakām un bruņurupučiem acis pasargā plakstiņi un mirkšķināmā plēve. Čūskām plakstiņi ir saauguši kopā, veidojot caurspīdīgu acs pārsegu. No izžūšanas acis pasargā asaru dziedzeri.
Dzirde vāji attīstīta, lai gan ir iekšējā auss un vidusauss. Daudzi rāpuļi ir mēmi.
Vairumam čūsku un ķirzaku mēle ir savdabīgs ožas orgāns. Daudzu sugu indīgajām čūskām zem nāsīm ir nelielas bedrītes ar šūnām, kas var sajust siltumu - termoreceptori. Tie ļauj uztvert siltu upuri tumsā.
Čūskas ar ķermeni spēj uztvert zemes satricinājumu un sajutušas briesmas, tās izslejas un ar mēli mēģina ,,saost" traucētāju.
Daudzu sugu ķirzakas spēj nomest asti. To nodrošina skrimšļa starpslānis mugurkaula skriemeļos. Ja ienaidnieks saķer ķirzakas asti, mugurkaula skriemelis pārlūzt, aste nokrīt un kādu brīdi turpina kustēties. Zaudētā astes daļa ataug.
Organisma spēju atjaunot zaudētos orgānus vai ķermeņa daļas sauc par reģenerāciju.